Η Ολομέλεια του ΣτΕ έκρινε αντισυνταγματικό το πρόγραμμά των Θρησκευτικών, καθώς «κλονίζει τη θρησκευτική χριστιανική συνείδηση».
Συγκεκριμένα, ακύρωσε το Συμβούλιο της Επικρατείας σε έκτακτη συνεδρίαση του σε σχηματισμό Ολομέλειας, την υπουργική απόφαση (του τέως υπουργού Παιδείας Νίκου Φίλη) με την οποία άλλαξε ο τρόπος διδασκαλίας των Θρησκευτικών.
Και αυτό γιατί κρίθηκε, πως η επίμαχη απόφαση κλονίζει την θρησκευτική χριστιανική συνείδηση, και συνεπώς είναι αντισυνταγματική αλλά και αντίθετη στην ΕΣΔΑ.
Ειδικότερα, με τους ανώτατους δικαστές, η υπουργική απόφαση αντιτίθεται:
-Στο άρθρο 16 του Συντάγματος το οποίο ορίζει ότι ότι η παιδεία αποτελεί βασική αποστολή του κράτους και μεταξύ των σκοπών της είναι η ανάπτυξη της εθνικής και θρησκευτικής συνείδησης. Με το πρόγραμμα σπουδών που εισάγεται για το Δημοτικό και το Γυμνάσιο «φαλκιδεύεται ο επιβαλλόμενος από τη συνταγματική αυτή διάταξη σκοπός της ανάπτυξης της Ορθόδοξης Χριστιανικής συνείδησης των μαθητών.
-Στο άρθρο 13 του Συντάγματος που κατοχυρώνει ως απαραβίαστη την ελευθερία της θρησκευτικής συνείδησης. Η υπουργική απόφαση, σύμφωνα με τους δικαστές, κλονίζει την Ορθόδοξη Χριστιανική συνείδηση που πριν από την έναρξη του σχολικού βίου διαμορφώνουν οι μαθητές το πλαίσιο του οικογενειακού τους περιβάλλοντος. Μάλιστα, επειδή τα παιδιά δεν διαθέτουν την κριτική αντίληψη των ενηλίκων μπορεί να εκτραπούν από την Ορθόδοξη συνείδηση, με την διδασκαλία που προτείνεται μέσω της υπουγικής απόφασης.

-Προσβάλλεται η ΕΣΔΑ (ευρωπαϊκή σύμβαση δικαιωμάτων του ανθρώπου) γιατί στερεί από τους μαθητές του Ορθόδοξου Χριστιανικού δόγματος το δικαίωμα να διδάσκονται αποκλειστικά τα δόγματα, τις ηθικές αξίες και τις παραδόσεις της Ανατολικής Ορθοδόξου Εκκλησίας του Χριστού.